Het behoud van biodiversiteit vormt de kern van de missie van Nausicaá en het neemt deel aan tal van Europese beschermingsprogramma's voor het behoud van bedreigde diersoorten. Jaarlijks worden in het aquarium honderden dieren geboren, een toonbeeld van de expertise van het aquariologisch team op het gebied van de verzorging en het dagelijkse dierenwelzijn.
In de buitenwereld neemt Nausicaá deel aan talrijke projecten voor het behoud van diersoorten in hun natuurlijke omgeving, in samenwerking met verenigingen in het veld.
In 2018 werd het dotatiefonds van Nausicaá opgericht om deze acties te helpen financieren en om zo dicht mogelijk in de omgeving van de bedreigde soorten acties te kunnen ondernemen.