La préservation de la biodiversité est au cœur de la mission de Nausicaá qui participe à de nombreux programmes européens de conservation pour la préservation des espèces menacées. Par ailleurs, les nombreuses naissances au sein de l’aquarium reflètent une expertise de l’équipe aquariologique dans le soin et le bien-être animal apportés quotidiennement aux animaux.
En dehors de ses murs, Nausicaá participe à de nombreux projets de conservation d'espèces animales in situ en collaboration avec des associations agissant sur le terrain.
En 2018, le Fonds de dotation de Nausicaá a été créé afin de participer au financement de ces actions et d’agir au plus près des espèces menacées dans leur habitat naturel.