Lors de la reproduction, la femelle dépose ses œufs sur un substrat sur lequel ils se fixent car ils sont entourés d’une substance collante. Le mâle vient ensuite les féconder.
Pendant la dizaine de jours qui précèdent l’éclosion des œufs, mâle et femelle ont chacun un rôle bien défini : le mâle aère les œufs en brassant l’eau de ses nageoires, leur apportant ainsi de l’oxygène et il élimine les œufs qui ne sont pas viables.
La femelle, pendant ce temps, agit en gardienne du foyer et repousse tout intrus qui tenterait de s’approcher.
Cinq jours après la ponte, la larve apparait dans l’œuf. Les poissons naissent 10 jours après la ponte et les larves sont emportées par le courant. Trente-cinq jours après la naissance, les jeunes ressemblent totalement au poisson-clown adulte.
A Nausicaá, les soigneurs ont repéré les couples, les ont isolés pour qu’ils puissent se reproduire. Les bébés poissons-clowns grandissent et rejoindront prochainement leur espace d’exposition.